El 9 de julio de 1964, el Departamento de Justicia reconoció oficialmente a la Asociación de Estudiantes de la Biblia, una corporación legal que utilizan los testigos de Jehová. Sin embargo, necesitaban registrarse también en el Departamento de Asuntos Religiosos antes de tener plena libertad de acción. Esta agencia recibía asesoría de la Dirección General para la Guía de la Comunidad Cristiana, donde trabajaban muchos protestantes fanáticos que odiaban a los Testigos.

Cierto día, un hermano conoció a un funcionario de alto cargo que era un colaborador de confianza del ministro de Asuntos Religiosos. Cuando los dos se dieron cuenta de que venían del mismo pueblo, mantuvieron una animada conversación en su dialecto nativo. El hermano le contó los problemas que estaban teniendo los Testigos con la Dirección General para la Guía de la  Comunidad Cristiana. El funcionario se encargó de que tres hermanos hablaran con el ministro, un amigable y comprensivo musulmán. El resultado fue que, el 11 de mayo de 1968, el ministro emitió un decreto en el que se reconocía a la organización de los testigos de Jehová como una religión. Así se confirmó su derecho de seguir con sus actividades en Indonesia.

El funcionario también se ofreció a ayudarlos para evitar el trámite con la Dirección General para la Guía de la Comunidad Cristiana, a fin de que Testigos de otros países consiguieran visas de misioneros. Gracias a que el administrador fue imparcial, 64 misioneros pudieron entrar en Indonesia en los siguientes años.

En 1968, había unos trescientos misioneros y precursores especiales, y más de mil doscientos publicadores que predicaban por todo el país. Los misioneros ayudaron mucho a los hermanos a progresar espiritualmente. Lo que aprendieron les iba a ser muy útil, pues pronto llegaría una ola de dificultades.

En 1974, la Dirección General para la Guía de la Comunidad Cristiana reanudó su campaña para prohibir las actividades de los testigos de Jehová. El director general escribió a cada oficina regional del Departamento de Asuntos Religiosos, acusando a los Testigos de no ser una religión registrada legalmente. Además, incitó a los funcionarios a ponerse en contra de los Testigos siempre que les causaran “problemas”. Así animó disimuladamente a que los persiguieran. Aunque la mayoría de los funcionarios no hizo caso, algunos aprovecharon la oportunidad para prohibir las reuniones y la predicación de casa en casa.

 Al mismo tiempo, el Consejo Mundial de Iglesias planeaba organizar un congreso internacional en Yakarta. Los musulmanes vieron esto como un acto de provocación y hostilidad contra ellos. En vista de la situación, se decidió cancelar el congreso. El proselitismo cristiano se había convertido en un tema delicado, así que los políticos no estaban tranquilos. El clero, como siempre, se quejó por la predicación de los testigos de Jehová y los culpó de la tensión que existía. Esto hizo que más funcionarios vieran con malos ojos a los Testigos.

Las tensiones religiosas siguieron creciendo. En diciembre de 1975, Indonesia invadió Timor Oriental y, siete meses después, se anexó esta antigua colonia portuguesa. Aunque el fervor nacionalista creció, los hermanos siguieron neutrales. Los jefes militares se enfurecieron porque los Testigos se negaron a participar en las guerras y saludar la bandera (Mat. 4:10; Juan 18:36). Aprovechando la ocasión, el clero le exigió al gobierno que se pusiera en contra de los Testigos, y así fue. A mediados de diciembre de 1976, los líderes religiosos recibieron su “regalo de Navidad”: se prohibió la actividad de los testigos de Jehová.