I begynnelsen av 1942 herjet den japanske krigsmaskin i Indonesia og fikk et jerngrep om landet. Mange brødre ble tvunget til å utføre hardt arbeid, for eksempel veibygging og grøftegraving. Andre ble internert i skitne fangeleirer og torturert fordi de nektet å støtte krigen. Minst tre brødre døde i fengsel.

En nederlandsk søster, Johanna Harp, som bodde i en avsidesliggende fjellandsby i Øst-Java, unngikk å havne i en fangeleir de to første årene av krigen. Hun og de tre tenåringsbarna hennes brukte friheten til å oversette  boken Frelse og numre av Vakttårnet fra engelsk til nederlandsk. * De oversatte publikasjonene ble så kopiert og smuglet videre til brødre og søstre på Java.

De få vitnene som fortsatt hadde friheten, kom sammen i små grupper og var forsiktige når de forkynte. «Jeg var alltid på utkikk etter muligheter til å snakke uformelt om sannheten», sa Josephine Elias (før Tan). «Jeg pleide å ta med meg et sjakkbrett når jeg besøkte interesserte, slik at andre skulle tro at vi bare spilte sjakk.» Felix Tan og hans kone, Bola, forkynte fra dør til dør og lot som om de solgte såpe. «Vi ble ofte fotfulgt av spioner fra Kempeitai, det fryktede japanske militærpolitiet», sa Felix. «For å unngå mistanke besøkte vi dem vi studerte Bibelen med, til forskjellige tider. Seks av dem gjorde fine framskritt og ble døpt under krigen.»

Mens brødrene tilpasset seg vanskelighetene under krigen, møtte de en annen alvorlig prøve. De japanske myndighetene forlangte at alle utlendinger (også kinesisk-indonesiske personer) skulle registrere seg og gå med et identitetskort med en troskapsed til det japanske keiserdømmet. Mange brødre tenkte: Skal vi registrere oss og signere identitetskortet, eller skal vi nekte?

Felix Tan fortalte: «Brødrene i Jakarta oppfordret oss i Sukabumi til å nekte å signere identitetskortet. Men vi spurte myndighetene om vi kunne forandre ordlyden på kortet fra ‘undertegnede har sverget troskap til’ til ‘undertegnede vil ikke motarbeide’ den japanske  hær. Overraskende nok godtok de det, så vi skaffet oss identitetskort alle sammen. Da brødrene i Jakarta fikk høre hva vi hadde bestemt oss for, kalte de oss frafalne og brøt kontakten med oss.»

De fleste av de mest firkantete brødrene i Jakarta ble arrestert og avsverget dessverre sin tro. Én av de steile brødrene endte opp i fengsel sammen med André Elias. «Jeg resonnerte med ham angående spørsmålet om registrering og hjalp ham til å få et mer balansert syn», sa André. «Han bad ydmykt om tilgivelse for at han hadde brutt kontakten med oss. Etter dette hadde vi en fin tid sammen da vi styrket hverandre, men tragisk nok døde han på grunn av de harde forholdene i fengselet.»

Da krigen endte i 1945, var brødrene og søstrene ivrige etter å gå på i forkynnelsen. En bror som hadde sittet i fengsel og blitt torturert, skrev til avdelingskontoret  i Australia: «Her er jeg etter fire lange, tunge år, like hel og med samme innstilling som før. Under alle mine prøvelser glemte jeg aldri brødrene. Kan dere være så snill å sende meg noen bøker?»

Den etterlengtede litteraturen kom snart inn i landet, først i små drypp, men så i store forsendelser. En gruppe på ti forkynnere i Jakarta begynte å oversette publikasjoner til indonesisk igjen.

Den 17. august 1945 proklamerte indonesiske nasjonalister Indonesia som en uavhengig republikk, noe som utløste en fire år lang revolusjon mot det nederlandske kolonistyret. Titusener av mennesker døde i kaoset som fulgte, og over sju millioner mennesker ble drevet på flukt.

Under hele revolusjonen fortsatte brødrene å forkynne fra hus til hus. «Nasjonalister prøvde å tvinge oss til å rope slagordet deres, Merdeka, som betyr ‘frihet’», sa Josephine Elias. «Men vi sa til dem at vi var nøytrale i slike politiske saker.» I 1949 overførte nederlenderne suvereniteten over den mangeårige kolonien til Republikken Indonesias forente stater (nå Republikken Indonesia). *

I 1950 hadde brødrene i Indonesia utholdt nesten ti konfliktfylte år. Men de hadde et enormt arbeid foran seg. Hvordan kunne de nå ut med det gode budskap til Indonesias mangfoldige millioner? Fra et menneskelig synspunkt virket det umulig! Men brødrene gikk på med krum hals, i full tillit til at Jehova ville «sende arbeidere ut til sin høst». (Matt 9:38) Og det var nettopp det Jehova gjorde.