Under forbudet fortsatte de fleste menighetene å ha møter i private hjem. For å unngå oppmerksomhet var det mange menigheter som ikke sang Rikets sanger. Myndighetene gjennomførte av og til rassiaer, men brødrene lot seg ikke vippe av pinnen.

De brukte ofte slektstreff eller brylluper som anledninger til å holde større stevner. «Det var vanlig at par registrerte ekteskapet sitt og fikk politiets tillatelse til å holde et stort bryllup», forklarte Tagor Hutasoit. «Under bryllupet satt brudeparet og deres nærmeste på plattformen mens forskjellige brødre holdt bibelske taler.»

På ett stevne kom en politimann bort til Tagor.

«Vanligvis varer brylluper to–tre timer. Hvorfor varer bryllupene deres fra morgen til kveld?» spurte han.

«Noen brudepar har mange problemer og trenger mye veiledning fra Guds Ord», svarte Tagor.

«Da skjønner jeg», nikket politimannen.

 Under dekke av et bryllup for flere par holdt brødrene en del av områdestevnet i 1983 med temaet «Enhet under Riket» på et stort stadion i Jakarta. Det var på det meste nesten 4000 Jehovas vitner og interesserte på stevnet, og 125 ble døpt privat før programmet. Senere, da forbudet ikke ble så strengt håndhevet, holdt brødrene enda større stevner, blant annet et der det var over 15 000 til stede.

I 1980- og 1990-årene henvendte avdelingskontoret seg flere ganger til regjeringen for å få opphevet forbudet mot Jehovas vitner. Brødre i andre land skrev også til Indonesias regjering og ambassadører og spurte hvorfor Jehovas vitner var forbudt i Indonesia. Mange myndighetspersoner ønsket å oppheve forbudet, men det innflytelsesrike generaldirektoratet for kristen samfunnsrådgivning fikk hele tiden satt kjepper i hjulene for dem.

I 1990 kom brødrene fram til at det kanskje var mulig å bygge et nytt avdelingskontor på et sted der det ikke ble så godt lagt merke til. Samme år godkjente det styrende råd at det ble kjøpt en tomt i nærheten av Bogor, en liten by omkring 40 kilometer sør for Jakarta. Men det var få av de lokale vitnene som hadde erfaring med bygging. Så hvordan skulle man få bygd det nye avdelingskontoret?

Løsningen kom gjennom det internasjonale brorskapet. Prosjekteringsavdelingen i Brooklyn og det regionale prosjekteringskontoret i Australia skaffet byggetegninger. Rundt 100 internasjonale frivillige stod for den nødvendige ekspertisen i de to årene prosjektet varte.

Hosea Mansur, en indonesisk bror som var kontaktmann for forskjellige lokale myndigheter, sa: «Når muslimske tjenestemenn så initialene mine, H.M., på vernehjelmen min, trodde de at bokstaven H stod for Hājjī, en høyt aktet tittel man får når man drar på pilegrimsreise til Mekka. Derfor behandlet de meg med respekt. Denne lille misforståelsen gjorde det enklere å organisere arbeidet.»

 Det nye avdelingskontoret ble innviet 19. juli 1996. John Barr, et medlem av det styrende råd, holdt innvielsestalen. De 285 tilhørerne innbefattet 118 representanter for andre avdelingskontorer og tidligere misjonærer fra mange land i tillegg til de 59 medlemmene av den indonesiske Betel-familien. De to dagene etter innvielsesprogrammet var 8793 delegater til stede på områdestevnet «Forkynnere av Guds fred» i Jakarta.

Suharto (Soeharto), som hadde vært president i mange år, trakk seg i 1998, og landet fikk en ny  regjering. Da gjorde brødrene enda mer for å prøve å få opphevet forbudet.

Mens Indonesias utenriksminister Djohan Effendi var i New York i 2001, fikk han en omvisning på Betel i Brooklyn og møtte tre medlemmer av det styrende råd. Han ble imponert over det han så, og forstod at Jehovas vitner har et godt rykte rundt om i verden. Effendi var positiv til å oppheve forbudet, men sa at det var Indonesias justisminister Marzuki Darusman som hadde siste ord i saken.

Justisministeren var også for å oppheve forbudet, men fiendtlig innstilte statstjenestemenn i departementet hans trenerte saken mens de håpet på at han skulle bli erstattet. Men endelig, den 1. juni 2001, ble Tagor Hutasoit innkalt til justisministerens kontor. «På akkurat dette kontoret hadde jeg 25 år tidligere mottatt et dokument som sa at Jehovas vitner var forbudt», fortalte Tagor. «Men denne dagen, på justisministerens aller siste arbeidsdag, gav han meg et dokument som opphevet forbudet.»

Den 22. mars 2002 ble Jehovas vitner i Indonesia offisielt registrert av departementet for religiøse saker. Ministeren for departementet sa til representantene for avdelingskontoret: «Dette registreringsdokumentet gir dere ikke religionsfrihet. Den friheten kommer fra Gud. Dette dokumentet bekrefter at deres religion er offisielt anerkjent av regjeringen. Nå har dere de samme rettighetene som andre religioner, og regjeringen står til deres tjeneste.»