Idi Hulio 9, 1964, opisial nga inrehistro ti Indonesian Department of Justice ti Bible Students Association, maysa a legal a korporasion nga us-usaren dagiti Saksi ni Jehova. Ngem masapul nga agparehistroda pay iti Department of Religious Affairs tapno maaddaanda iti naan-anay a wayawaya iti relihion. Agkonkonsulta daytoy nga ahensia iti Directorate General of Christian Community Guidance a dagiti empleado ket napeklan a Protestante ken nakaro ti panangbusorda kadagiti Saksi ni Jehova.

Naminsan, nakasarita ti maysa a brother ti nangato nga opisial a katrabahuan ti Minister of Religious Affairs. Naammuanda nga agkalugaranda, isu a siraragsak a naginnestoriada iti lengguaheda. Idi imbaga ti brother ti problema dagiti Saksi mainaig iti Directorate General of Christian  Community Guidance, inyurnos ti opisial a direkta a makisarita ti tallo a kabsat iti minister, maysa a mannakigayyem ken mannakaawat a Muslim. Idi Mayo 11, 1968, nangipaulog ti minister iti deklarasion a mangbigbig kadagiti Saksi ni Jehova kas maysa a relihion ken iti kalinteganda a mangaramid iti trabahoda iti Indonesia.

Nagdesision met ti nangato nga opisial a saanen nga agkonsulta iti Directorate General of Christian Community Guidance tapno makaala iti missionary visa dagiti Saksi a naggapu iti sabali a pagilian. Gapu iti tulong ti patas nga opisial, nakastrek iti Indonesia ti 64 a misionero kadagiti simmaruno a tawtawen.

Idi 1968, addan agarup 300 a misionero ken special pioneer ken nasurok a 1,200 nga agibumbunannag a mangikaskasaba iti naimbag a damag iti amin a suli ti Indonesia. Dagiti misionero sinanayda a naimbag dagiti kakabsat ket napartak ti panagrang-ayda iti naespirituan. Naintiempuan dayta a pannakasanay gapu ta asideg idin a sumangpet dagiti arig bagyo a pannakaidadanes.

Idi 1974, intuloy manen ti Directorate General of Christian Community Guidance ti nabayagen nga ikamkampaniada a pannakaiparit dagiti Saksi ni Jehova. Sinuratan ti director general dayta a departamento ti amin a regional office ti Department of Religious Affairs, nga ibagbagana a saan a maibilang kas maysa a relihion dagiti Saksi ni Jehova. Sinugsoganna dagiti opisial nga idadanesda dagiti Saksi no adda makitada nga aniaman a rason a mangaramid iti dayta. Saan nga inaramid dayta ti kaaduan nga opisial ngem ginundawayan dayta ti dadduma tapno iparitda dagiti gimong ken panangasaba.

Madama met idi nga iplamplano ti World Council of Churches (WCC) ti mangangay iti maysa nga international  assembly idiay Jakarta. Para kadagiti lumugar a Muslim, makapainsulto ken agresibo dayta a tignay. Gapu iti kumarkaro a tension iti relihion, kinanselar ti WCC ti assembly. Nupay kasta, nagbalin a nabara nga isyu ti panangkomberte kadagiti tattao nga agbalin a Kristiano, ket nagdanag ti adu a politiko. Kas ninamnama, kayat dagiti lider ti relihion a mapabasol dagiti Saksi ni Jehova isu a kasta la unay ti panagreklamoda iti panangasabada. Gapu iti dayta, immadu dagiti opisial a saanen a nasayaat ti panagkitkitada kadagiti Saksi.

Idi Disiembre 1975, bayat a kumarkaro ti tension iti relihion, rinaut ti Indonesia ti East Timor (Timor-Leste itan), a dati a kolonia dagiti Portuguese. Pito a bulan kalpasanna, nasakupen ti East Timor, ket nagbalin nga ad-adda a nasionalistiko dagiti tattao iti intero a pagilian. Nagtalinaed a neutral iti politika dagiti kakabsat ken saanda a nagsoldado wenno nagsaludo iti bandera, a namagpungtot kadagiti nangato nga opisial ti militar. (Mat. 4:10; Juan 18:36) Determinado dagiti lider ti relihion a mangdadael kadagiti Saksi isu a ginundawayanda dayta ket improtestada a busoren ida ti gobierno. Kamaudiananna, iti katengngaan ti Disiembre 1976, naawatda ti “pangkrismas a regaloda”​—inyanunsio ti gobierno a maparitanen dagiti Saksi ni Jehova.