Pendant l’interdiction, la plupart des congrégations ont continué de se réunir dans des foyers. Toutefois, pour ne pas attirer l’attention, dans beaucoup d’entre elles on ne chantait pas les cantiques. Les autorités ont fait irruption dans certains lieux de réunion, mais généralement les frères gardaient leur sang-froid.

Les frères profitaient souvent de réunions de famille ou de cérémonies de mariage pour tenir des assemblées. « En général, les couples faisaient enregistrer leur mariage et obtenaient auprès de la police l’autorisation d’organiser une grande réception, a expliqué Tagor Hutasoit. Au cours de celle-ci, les mariés étaient assis sur l’estrade pendant que les frères présentaient une série de discours bibliques. »

Lors d’une assemblée, un policier s’est approché de Tagor en privé et lui a demandé : « La plupart des mariages ne durent que deux ou trois heures. Pourquoi les vôtres durent du matin au soir ?

— Certains fiancés rencontrent de nombreuses difficultés et ils ont besoin de recevoir plus de conseils de la Parole de Dieu.

 — C’est logique », a reconnu le policier.

En 1983, profitant d’une occasion où plusieurs mariages étaient célébrés le même jour, les frères ont présenté une partie de l’assemblée de district « Unis grâce au Royaume » dans un grand stade de Jakarta. On a enregistré un maximum de presque 4 000 assistants, et 125 personnes se sont fait baptiser avant le programme, en privé. Par la suite, lorsque l’interdiction s’est assouplie, les frères ont tenu des assemblées encore plus grandes, l’une d’elles ayant réuni plus de 15 000 personnes.

Au cours des années 1980 et 1990, la filiale a adressé de nombreuses requêtes au gouvernement pour que l’interdiction soit levée. Des frères d’autres pays ont aussi écrit au gouvernement indonésien et à ses ambassadeurs pour demander pourquoi les Témoins de Jéhovah étaient interdits en Indonésie. Beaucoup de fonctionnaires étaient favorables à la levée de l’interdiction, mais la puissante Direction générale de la communauté chrétienne a fait barrage à de multiples reprises.

En 1990, les frères ont estimé qu’il serait peut-être possible de construire un nouveau Béthel dans un endroit discret. Cette même année, le Collège central a approuvé l’achat d’une propriété près de Bogor, une petite ville à environ 40 kilomètres au sud de Jakarta. Néanmoins, peu de frères locaux avaient des compétences dans le bâtiment. Comment les nouvelles installations seraient-elles donc construites ?

La réponse est venue de la communauté internationale des frères. Le bureau de construction de Brooklyn et le bureau d’ingénierie régional d’Australie ont fourni les plans architecturaux. Et une centaine de volontaires internationaux ont apporté leur savoir-faire pendant les deux ans qu’a duré le chantier.

Hosea Mansur, un frère indonésien qui a servi d’intermédiaire entre les Témoins et les autorités locales, a raconté : « Quand les fonctionnaires musulmans voyaient mes initiales, H. M., sur mon casque, ils pensaient que la lettre H voulait dire hâjjî, un titre honorifique porté par ceux qui effectuent des pèlerinages à La Mecque. Du coup, ils me traitaient avec beaucoup de respect. Ce simple malentendu nous a permis d’organiser le travail plus facilement. »

 Le nouveau Béthel a été inauguré le 19 juillet 1996. John Barr, membre du Collège central, a prononcé le discours d’inauguration. Sur les 285 assistants, il y avait 118 béthélites, pionniers spéciaux et missionnaires provenant de différents pays. Il y avait aussi les 59 membres du Béthel d’Indonésie. Au cours des deux jours qui ont suivi l’inauguration, 8 793 personnes ont assisté à l’assemblée de district « Messagers de la paix divine » à Jakarta.

En 1998, le président Soeharto (Suharto), qui dirigeait l’Indonésie depuis longtemps, a démissionné, laissant ainsi la voie libre à un nouveau gouvernement. Les frères  ont alors redoublé d’efforts pour que l’interdiction de l’œuvre soit levée.

Lors d’un séjour à New York en 2001, le ministre indonésien des Affaires étrangères, M. Djohan Effendi, a visité le Béthel de Brooklyn et a rencontré trois membres du Collège central. Il a été impressionné par ce qu’il a vu et a reconnu que les Témoins de Jéhovah avaient une bonne réputation dans le monde. M. Effendi était favorable à la levée de l’interdiction, mais il a expliqué que la décision finale relevait du ministre de la Justice, M. Marzuki Darusman.

Le ministre de la Justice était lui aussi favorable à la levée de l’interdiction. Cependant, des membres de son administration opposés à cette idée essayaient constamment de faire traîner les choses dans l’espoir de le voir bientôt remplacé. Finalement, le 1^er juin 2001, Tagor Hutasoit a été convoqué dans le bureau du ministre de la Justice. « Dans ce même bureau, 25 ans plus tôt, on m’avait remis un document déclarant que les Témoins de Jéhovah étaient interdits, s’est souvenu Tagor. Mais ce jour-là, le dernier jour où il exerçait sa fonction, le ministre de la Justice m’a remis un document qui annulait l’interdiction. »

Le 22 mars 2002, l’organisation des Témoins de Jéhovah a été officiellement enregistrée en Indonésie par le ministère des Affaires religieuses. Le directeur général du ministère a déclaré aux représentants de la filiale : « Ce n’est pas ce certificat d’enregistrement qui vous a accordé la liberté de culte. Cette liberté vient de Dieu. Ce document déclare que votre religion est officiellement reconnue par le gouvernement. Vous avez maintenant les mêmes droits que les autres religions, et le gouvernement est à votre service. »