VOR allem bei Erforschern der Bibel ist Whiston auch deshalb bekannt, weil er die Schriften des jüdischen Historikers Flavius Josephus ins Englische übersetzt hat. Diese haben viel Licht auf die jüdische Geschichte und die Welt der frühen Christen geworfen.

Mit seinem scharfen Verstand widmete er sich insbesondere der Wissenschaft und Religion. Für ihn stand fest: Der Schöpfungsbericht der Bibel ist genau und die Planung, Schönheit und Ordnung, die in der Natur deutlich zu sehen sind, weisen auf einen göttlichen Architekten hin.

Wie Whiston außerdem glaubte, zersplitterten die christlichen Kirchen in so viele Richtungen, weil sich ihre Geistlichkeit von der Bibel abgewandt hatte und sich stattdessen unbiblischen Lehren und Traditionen zuwandte, die durch Kirchenkonzile und sogenannte Kirchenväter festgelegt worden waren.

Er anerkannte die Bibel als Buch, das die Wahrheit über Gott offenbart, und lehnte deshalb die Vorstellung einer ewigen Qual im Höllenfeuer ab. Für ihn war sie nicht nur absurd und grausam, sondern auch eine Beleidigung Gottes. Auch lehnte er die Dreieinigkeitslehre ab, was der Hauptgrund für seinen Konflikt mit den Kirchenhäuptern war. Laut dieser Lehre besteht Gott aus drei gleichrangigen und gleich ewigen Personen — Vater, Sohn und heiliger Geist —, dennoch seien es nicht drei Götter, sondern einer.

Nach sorgfältigem Nachforschen schlussfolgerte Whiston, dass die Dreieinigkeit von den Urchristen nicht gelehrt wurde, sondern als heidnische Philosophie erst später in das Christentum eingedrungen war. * Weil er nicht darüber hinwegsehen konnte, wie sehr Jesu wahre Identität als Geschöpf und Sohn Gottes verdreht wurde, wollte er dies veröffentlichen. Doch seine Freunde warnten ihn davor.

Die Universität Cambridge enthob jeden seines Amtes, der etwas lehrte, was der anglikanischen Lehre widersprach. Whiston konnte also seinen Lehrstuhl verlieren. Trotzdem schwieg er nicht — ganz anders als Newton, der die Dreieinigkeitslehre ebenfalls als Irrlehre betrachtete, aber seine Ansichten für sich behielt. Doch für Whiston stand fest: „Kein weltlicher Grund . . . möge mich davon abbringen.“

1710 wurde Whiston von Cambridge verwiesen. „Aus dem angesehenen Akademiker wurde ein Ausgestoßener“, weil er für seine Überzeugung einstand. Selbst das schüchterte ihn nicht ein. Während er der Ketzerei beschuldigt wurde, schrieb er sogar eine Reihe Abhandlungen mit dem Titel Primitive Christianity Revived (Das Urchristentum wiederbelebt). Mit Urchristentum meinte er das Christentum, das von den ersten Nachfolgern Jesu ausgeübt wurde. Später gründete er die Gesellschaft zur Förderung des Urchristentums, die sich in seiner Londoner Wohnung traf.

Obwohl er seinen Lehrstuhl verloren und vorübergehend finanzielle Probleme hatte, schrieb Whiston weiter und hielt Vorlesungen in Londoner Kaffeehäusern. 1737 veröffentlichte er seine Übersetzung der Schriften von Josephus und trug so dazu bei, den geschichtlichen Hintergrund des Urchristentums verständlicher zu machen. Seine Übersetzung wird nach wie vor aufgelegt.

Aufgrund seines unpopulären, aber mutigen Standpunkts wird Whiston heute von vielen als „Exzentriker“ angesehen, schreibt der Autor James E. Force. Andere jedoch bewundern ihn als Bibelgelehrten, aufrichtigen Erforscher religiöser Wahrheit und als jemand, der für seine Überzeugung einstand.