Am 9. Juli 1964 wurde die Bible Students Association (eine Rechtskörperschaft von Jehovas Zeugen) vom indonesischen Justizministerium offiziell registriert. Doch bevor die Brüder in den Genuss der uneingeschränkten Religionsfreiheit kamen, mussten sie die Registrierung zusätzlich beim Religionsministerium eintragen lassen. Das Ministerium zog in dieser Sache das Ressort für christliche Angelegenheiten mit hinzu. Es bestand aus Protestanten, die einen harten Kurs gegen Jehovas Zeugen verfolgten.

Eines Tages kam ein Bruder mit einem leitenden Beamten in Kontakt, der eng mit dem Minister für religiöse Angelegenheiten zusammenarbeitete. Als die beiden merkten, dass sie aus dem gleichen Dorf kamen, unterhielten sie sich angeregt in ihrem Dialekt. Der Bruder erzählte  dem Beamten von den Schwierigkeiten, die die Zeugen mit dem Ressort für christliche Angelegenheiten hatten. Daraufhin arrangierte der Beamte für drei Brüder ein Treffen mit dem Minister — ein sympathischer, entgegenkommender Muslim. Der Minister gab am 11. Mai 1968 einen Erlass heraus, in dem Jehovas Zeugen als Religionsgemeinschaft anerkannt wurden, und bekräftigte damit ihr Recht, in Indonesien zu predigen.

Der leitende Beamte bot an, das Ressort für christliche Angelegenheiten zu umgehen, damit Missionare ein Visum erhalten würden. Mit der Unterstützung dieses unvoreingenommenen Beamten durften in den nächsten Jahren 64 Missionare nach Indonesien einreisen.

1968 predigten schon etwa 300 Missionare und Sonderpioniere sowie mehr als 1 200 Verkündiger die gute Botschaft in jedem Winkel des Landes. Die Schulung durch die Missionare war für die Brüder sehr wertvoll und beschleunigte ihren Fortschritt. Sie kam zur rechten Zeit, da sich bereits dunkle Wolken der Verfolgung abzeichneten.

1974 nahm das Ressort für christliche Angelegenheiten seine langjährige Kampagne gegen Jehovas Zeugen wieder auf. Der Ministerialdirektor dieses Ressorts schrieb an alle regionalen Dienststellen des Religionsministeriums und behauptete fälschlicherweise, Jehovas Zeugen seien rechtlich nicht anerkannt. Er forderte die Beamten auf, Schritte gegen die Zeugen zu unternehmen, sobald sie ihnen „Probleme“ machen würden. Das war eigentlich ein Freibrief, Jehovas Zeugen zu verfolgen. Die meisten Beamten ignorierten die Anweisung. Für andere war es die perfekte Gelegenheit, die Zusammenkünfte und das Predigen von Haus zu Haus zu verbieten.

 Ungefähr zur gleichen Zeit plante der Weltkirchenrat ein internationales Treffen in Jakarta — eine Aktion, die von den Muslimen dort als provokativ empfunden wurde. Da die religiösen Spannungen zu eskalieren drohten, sagte der Weltkirchenrat das Treffen ab. Viele Politiker waren unruhig und das Thema Missionieren war ein heißes Eisen geworden. Wie zu erwarten versuchte die Geistlichkeit, Jehovas Zeugen für alles verantwortlich zu machen, indem sie sich lautstark über ihr Predigen beschwerten. Daher sahen immer mehr Beamte die Zeugen in einem negativen Licht.

Die religiösen Spannungen nahmen weiter zu. Im Dezember 1975 fiel Indonesien in Osttimor (heute Timor-Leste) ein, einer ehemaligen portugiesischen Kolonie. Sieben Monate später hatte man Osttimor gewaltsam eingenommen und im ganzen Land herrschte eine patriotische Stimmung. Die Brüder blieben politisch neutral und verweigerten den Kriegsdienst sowie den Fahnengruß. Das erregte den Zorn führender Militäroffiziere (Mat. 4:10; Joh. 18:36). Die Geistlichkeit holte zum letzten Schlag aus und forderte die Regierung nachdrücklich auf, gegen die Zeugen vorzugehen. Mitte Dezember 1976 bekam sie schließlich ihr „Weihnachtsgeschenk“: Die Regierung gab bekannt, dass Jehovas Zeugen verboten sind.