WHISTON er også kendt, især blandt bibelkyndige, for sin engelske oversættelse af værker af den jødiske historiker Flavius Josefus, der levede i det første århundrede. The Works of Josephus kaster stort lys over jødernes historie og de første kristnes verden.

Whiston brugte sin store begavelse på at undersøge mange forskellige emner, især inden for videnskab og religion. Han mente at Bibelens skabelsesberetning er nøjagtig, og at den formgivning, skønhed og orden der præger naturen, er et vidnesbyrd om en ophøjet Arkitekt.

Desuden mente Whiston at årsagen til at kristendommens kirker var blevet splittet op i mange forskellige trossamfund, var at de gejstlige havde vraget Bibelen til fordel for de ikkebibelske læresætninger og traditioner der var blevet vedtaget på kirkemøder og fremholdt af de såkaldte kirkefædre.

Eftersom Whiston anså Bibelen for at være en bog der åbenbarer sande oplysninger om Gud, forkastede han tanken om evig pine i et brændende helvede. Han betragtede den som absurd og grusom og som en fornærmelse mod Gud. Men den største grund til at han kom på kollisionskurs med kirken, var hans afvisning af treenighedslæren, der definerer Gud som tre ligestillede og lige evige personer — Faderen, Sønnen og Helligånden. Ifølge læren er der dog ikke tale om tre guder, men én gud.

Efter en nøje undersøgelse kom Whiston til den konklusion at læren om en treenig gud ikke blev fremholdt af de første kristne, men først blev antaget senere da kristendommen blev infiltreret af hedensk filosofi. * Hans venner advarede ham om faren ved at publicere det han var kommet frem til, men han kunne ikke ignorere hvad han opfattede som en forvanskning af Jesu sande natur som Guds søn og som en der var skabt.

Cambridge-universitetet afskedigede enhver som fremholdt idéer der var i modstrid med den anglikanske kirkes lære. Det betød at Whiston kunne miste sit embede. Men han forholdt sig ikke tavs — i modsætning til Newton, der også betragtede treenighedslæren som forkert, men ikke turde give sin mening offentligt til kende. Whiston skrev: „Ingen verdslige bevæggrunde overhovedet ... kan holde mig tilbage.“

I 1710 blev Whiston bortvist fra Cambridge. Da han nægtede at gå på kompromis med sine anskuelser, gik han „fra at være en anset akademiker til at være en udstødt“. Men selv da lod han sig ikke kue. I den tid han var under anklage for at have ført vranglære, skrev han endda en række afhandlinger med titlen Primitive Christianity Revived (Den primitive kristendom genoplives). Med udtrykket primitiv kristendom sigtede han til den kristendom Jesu første disciple praktiserede. Senere oprettede Whiston et selskab til fremme af urkristendommen, hvis medlemmer mødtes i hans hjem i London.

Selvom Whiston mistede sit professorembede og havde økonomiske problemer for en tid, fortsatte han med at skrive og at holde forelæsninger i kaffehuse i London. For at bidrage til forståelsen af den historiske ramme for den tidlige kristendom udgav han i 1737 sin oversættelse af Josefus’ skrifter. Den har kunnet fås på tryk lige siden.

På grund af sine modige men upopulære synspunkter bliver Whiston af mange i dag betragtet som „en excentrisk personlighed“, siger forfatteren James E. Force. Andre beundrer ham dog for hans store bibelkundskab, som en der oprigtigt søgte at finde religiøs sandhed, og som en mand der var besluttet på at leve efter det han troede på.