Den 9. juli 1964 blev Jehovas Vidners juridiske selskab officielt registreret af justitsministeriet i Indonesien. Men for at brødrene kunne opnå fuldstændig religionsfrihed, skulle de også registreres hos ministeriet for religiøse anliggender. Denne instans rådførte sig med direktoratet for kristne samfund, som bestod af hårdnakkede protestanter der intet havde tilovers for Jehovas Vidner.

En dag mødte en bror en højtstående embedsmand der arbejdede nært sammen med ministeren for religiøse anliggender. Det gik op for dem at de kom fra samme landsby, og det førte til en livlig samtale på deres fælles dialekt. Da broren fortalte om de problemer brødrene havde med direktoratet for kristne samfund, arrangerede embedsmanden et møde mellem tre brødre og ministeren, en venlig og sympatisk muslim. Den  11. maj 1968 udstedte ministeren et dekret der anerkendte Jehovas Vidner som et trossamfund og stadfæstede deres ret til at udføre deres arbejde i Indonesien.

Den højtstående embedsmand tilbød også at gå uden om direktoratet for kristne samfund så udenlandske missionærer kunne få visum. Med hjælp fra denne rimelige mand fik 64 missionærer indrejsetilladelse til Indonesien i løbet af få år.

I 1968 var omkring 300 missionærer og specialpionerer og mere end 1.200 forkyndere travlt optaget af at udbrede den gode nyhed i hele Indonesien. De lokale brødre blev godt oplært af missionærerne, hvilket var med til at sætte skub i deres åndelige vækst. Oplæringen kom på det helt rigtige tidspunkt, for et stormvejr af forfølgelse var under opsejling.

I 1974 forsøgte direktoratet for kristne samfund igen at få Jehovas Vidners arbejde forbudt. Direktoratets øverste leder skrev til hver lokal afdeling under ministeriet for religiøse anliggender og påstod at Vidnerne ikke var et juridisk anerkendt trossamfund. Han tilskyndede lokale embedsmænd til at modarbejde Jehovas Vidner når som helst de skabte “problemer” – en slet skjult opfordring til at forfølge Jehovas folk. De fleste embedsmænd ignorerede opfordringen. Men nogle så deres snit til at forbyde brødrene at holde møder og forkynde fra hus til hus.

Omkring samme tid planlagde Kirkernes Verdensråd (WCC) at holde et internationalt konvent i Jakarta, hvilket de lokale muslimer opfattede som et provokerende og aggressivt træk. Stigende religiøse spændinger  fik derfor WCC til at aflyse konventet. Men nu var missionsarbejde blevet et betændt emne, og mange politikere var anspændte. Ikke overraskende prøvede præsterne at skyde skylden på Jehovas Vidner ved at klage højlydt over deres forkyndelse. Det førte til at flere embedsmænd fik et negativt syn på Vidnerne.

I december 1975, mens religiøse spændinger fortsat eskalerede, invaderede Indonesien den tidligere portugisiske koloni Østtimor. Syv måneder senere blev Østtimor annekteret, og det sendte en bølge af stærke patriotiske følelser hen over nationen. Brødrene, der forblev politisk neutrale, nægtede at udføre militærtjeneste eller at hilse flaget, hvilket gjorde nogle militærledere rasende. (Matt. 4:10; Joh. 18:36) For at sætte Jehovas Vidner ud af spillet forlangte præsterne at myndighederne greb til handling. I midten af december 1976 fik præsteskabet så deres “julegave” – myndighederne meddelte at Jehovas Vidners arbejde var forbudt.