Under forbuddet blev de fleste menigheder ved med at komme sammen i private hjem for at holde møderne. Men for at undgå unødig opmærksomhed undlod man i mange menigheder at synge Rigets sange. Nogle mødesteder blev ransaget af myndighederne, men som regel blev møderne holdt uden problemer.

Brødrene brugte ofte familiesammenkomster eller bryllupper som anledning til at holde større stævner. “Ofte gjorde parret det at de registrerede deres ægteskab og fik en tilladelse fra politiet til at holde en stor reception,” forklarede Tagor Hutasoit. “Under receptionen sad brudeparret og deres nærmeste på podiet mens forskellige brødre holdt en række bibelske foredrag.”

Ved et stævne henvendte en politimand sig til Tagor.

“De fleste bryllupsfester varer kun to-tre timer. Hvorfor varer jeres bryllupper helt fra morgen til aften?” spurgte politimanden.

“Nogle nygifte har en del problemer og har brug for mange gode råd fra Guds ord,” svarede Tagor.

 “Det giver god mening,” sagde politimanden nikkende.

Under dække af et bryllup hvor flere skulle giftes, afholdt brødrene en del af områdestævnet “Enhed under Guds rige” på et stort stadion i Jakarta. Stævnet blev overværet af næsten 4.000 Jehovas Vidner og interesserede, og 125 blev døbt under private forhold før programmet begyndte. Senere, da forbuddet ikke blev håndhævet så strengt, holdt brødrene endnu større stævner, deriblandt et hvor mere end 15.000 var til stede.

I 1980’erne og 1990’erne anmodede afdelingskontoret adskillige gange regeringen om at ophæve forbuddet mod Jehovas Vidner. Brødre i andre lande skrev også til den indonesiske regering og dens ambassadører og spurgte hvorfor Jehovas Vidners arbejde var forbudt i Indonesien. Mange embedsmænd ville gerne ophæve forbuddet, men den magtfulde leder af direktoratet for kristne samfund stillede sig gentagne gange i vejen.

I 1990 nåede brødrene frem til at det måske var muligt at bygge et nyt afdelingskontor et sted der ikke var så opsigtsvækkende. Samme år godkendte Det Styrende Råd købet af en grund i nærheden af Bogor, en lille by cirka 40 kilometer syd for Jakarta. Men der var ikke så mange af de lokale brødre der havde erfaring inden for byggefaget. Så hvordan skulle byggeriet kunne gennemføres?

Det problem blev løst af det internationale brodersamfund. Byggekontoret i Brooklyn og Det Regionale Kontor for Byggeprojekter i Australien leverede tegningerne. Omkring 100 internationale frivillige bidrog med den nødvendige ekspertise til projektet, der varede to år.

Hosea Mansur, en indonesisk bror der havde kontakt med forskellige lokale embedsmænd, fortalte: “Når muslimske embedsmænd så mine initialer, H.M., på min hat, troede de at H’et stod for ‘Hājjī’, en ærefuld titel som kun de der foretager pilgrimsrejser til Mekka, er berettiget til. Derfor behandlede de mig med stor respekt. Denne lille misforståelse gjorde det nemmere at organisere arbejdet.”

 Det nye afdelingskontor blev indviet den 19. juli 1996. Det var John Barr, et medlem af Det Styrende Råd, der holdt indvielsestalen. Blandt de i alt 285 tilhørere var der 118 repræsentanter fra forskellige afdelingskontorer og tidligere missionærer fra mange lande samt betelfamiliens 59 medlemmer. I de to efterfølgende dage var 8.793 delegerede til stede i Jakarta ved områdestævnet “Sendebud med fred fra Gud”.

I 1998, efter mange år ved magten, gik Indonesiens præsident Suharto af, hvilket banede vejen for en ny regering. Brødrene benyttede lejligheden til at  intensivere deres indsats for at få forbuddet ophævet.

Under sit besøg i New York i 2001 fik den indonesiske udenrigsminister, Djohan Effendi, en rundvisning på Betel i Brooklyn og mødtes med tre medlemmer af Det Styrende Råd. Han blev imponeret over det han så, og han medgav at Jehovas Vidner havde et godt omdømme verden over. Effendi ville gerne ophæve forbuddet, men han sagde at det var Indonesiens justitsminister, Marzuki Darusman, der havde det afgørende ord.

Justitsministeren ville også gerne ophæve forbuddet, men modvillige embedsmænd i hans ministerium blev ved med at trække sagen i langdrag i håb om at ministeren snart ville blive skiftet ud. Den 1. juni 2001, blev Tagor Hutasoit langt om længe bedt om at møde op på justitsministerens kontor. “På netop dette kontor havde jeg 25 år tidligere fået et dokument der erklærede Jehovas Vidners arbejde forbudt,” fortalte Tagor. “Men denne dag, justitsministerens sidste dag på kontoret, gav han mig et dokument der ophævede forbuddet.”

Den 22. marts 2002 blev Jehovas Vidner af ministeriet for religiøse anliggender officielt registreret som trossamfund. Lederen af ministeriet sagde følgende til repræsentanter fra afdelingskontoret: “Dette registreringsdokument giver jer ikke religionsfrihed. En sådan frihed kommer fra Gud. Dokumentet tilkendegiver at jeres religion er officielt anerkendt af regeringen. I har nu de samme rettigheder som andre religioner, og regeringen står til jeres rådighed.”