Díky tomu, že Erasmus ovládal řečtinu a latinu, mohl srovnat latinské překlady Bible, jako například Vulgátu, s ranými řeckými rukopisy Křesťanských řeckých písem (tuto část Bible lidé běžně nazývají Nový zákon). Došel při tom k přesvědčení, že znát Bibli je naprosto nezbytné. Začal proto zastávat názor, že by se měla překládat do tehdy používaných jazyků.

Erasmus usiloval o vnitřní obnovu katolické církve, protože křesťanství považoval za způsob života, který vyžaduje víc než jen mechanicky dodržovat nějaké rituály. Když pak začaly protesty reformátorů, kteří se dožadovali změn v římskokatolické církvi, stal se kvůli svým názorům pro církev podezřelou osobou.

Ve svých spisech Erasmus satiricky komentoval zkaženost duchovních, jejich honosný životní styl a ctižádost papežů, kteří podporovali války. Stavěl se proti zkaženým kněžím, kteří se prostřednictvím církevních zvyků, jako byla zpověď, uctívání svatých, půsty nebo náboženské poutě, obohacovali na úkor věřících. Nesouhlasil ani s takovými církevními praktikami, jako byl prodej odpustků a povinný celibát.

V roce 1516 Erasmus uveřejnil první vydání Nového zákona v řečtině – bylo to úplně první zveřejněné tištěné vydání Křesťanských řeckých písem. Jeho součástí byly také poznámky a překlad textu do latiny. Ten se lišil od Vulgáty. Během let na textu dál pracoval, takže konečná podoba se od Vulgáty odchýlila ještě víc.

Jedna z odlišností byla v 1. Jana 5:7. Do textu latinské Vulgáty byla totiž dodatečně vložena slova, která jsou známá jako comma ioanneum. Tento dodatek, který měl podpořit nebiblickou nauku o Trojici, zní: „V nebi, Otec, Slovo a svatý duch; a tito tři jsou jedno.“ Erasmus ho ale ze svých prvních dvou vydání Nového zákona vypustil, protože ho nenašel v žádném z dostupných řeckých rukopisů. Do třetího vydání ho ale na nátlak církve vložil.

Revidovaná vydání Erasmova Nového zákona v řečtině se stala základem pro lepší překlady této části Bible v jiných evropských jazycích. Martin Luther, William Tyndale, Antonio Brucioli a Francisco de Enzinas využili jeho dílo k překladu Řeckých písem do němčiny, angličtiny, italštiny a španělštiny.

Erasmus žil v době zásadních náboženských změn. Jeho Nový zákon v řečtině považovali protestantští reformátoři za dílo nesmírné hodnoty. Samotného Erasma někteří lidé pokládali za reformátora, ale jen dokud reformace nepropukla. V následných teologických debatách Erasmus zůstal neutrální – odmítl se postavit na jednu nebo druhou stranu. Zajímavý komentář o něm asi před sto lety napsal historik David Schaff. Erasmus podle něj „zemřel v osamění, aniž by někam patřil. Katolíci se k němu nehlásili a protestanti nemohli.“