Mayroon nang mga Saksi ni Jehova sa Kyrgyzstan noon pa mang 1956 at legal silang nairehistro noong 1998. Bagaman dumanas sila noon ng matinding pang-aabuso dahil sa kanilang relihiyon, ngayon ay mas protektado na ng estado ang kanilang mga karapatan.

Noong Nobyembre 2013, nagkaisa ang Constitutional Chamber of the Supreme Court sa kanilang desisyon may kinalaman sa batas ng Kyrgyzstan sa alternatibong serbisyo. Sinabi nilang labag iyon sa konstitusyon at inutusan ang gobyerno na amyendahan ang batas. Sinunod ng mga korte ng Kyrgyzstan ang desisyon ng Constitutional Chamber, at mula noong 2014, ang mga Saksi ay hindi na kinakasuhan dahil sa pagtanggi nilang magsundalo. Noong Hunyo 29, 2015, inamyendahan ng Kyrgyzstan ang batas nila tungkol sa paglilingkod sa militar. Naglaan sila ng alternatibong serbisyong pansibilyan na hindi kontrolado ng militar para sa mga tumatangging magsundalo dahil sa budhi.

Noong Setyembre 2014, nagdesisyon ang Constitutional Chamber of the Supreme Court pabor sa mga Saksi ni Jehova at sa kalayaan sa relihiyon. Sinabi nitong labag sa konstitusyon ang ilang bahagi ng batas noong 2008 may kinalaman sa relihiyon. Pero binale-wala ng State Committee for Religious Affairs ang desisyon ng Korte at tumanggi itong irehistro ang mga lokal na relihiyosong organisasyon ng mga Saksi sa timugang bahagi ng bansa. Dahil dito, itinuturing ng ilang awtoridad na ilegal ang gawain ng mga Saksi. Pero kapag nakikipag-usap ang mga Saksi sa mga opisyal para linawin ang mga bagay-bagay, karaniwan nang pinahihintulutan naman silang magpulong at makipag-usap sa iba tungkol sa kanilang paniniwala. Umaasa ang mga Saksi na lubusan nang ipasusunod ng gobyerno ang desisyon ng Constitutional Chamber at irerehistro ang kanilang relihiyosong organisasyon sa timugang bahagi ng Kyrgyzstan.