Świadkowie Jehowy zostali po raz pierwszy prawnie zarejestrowani w Baku w 1999 roku, a w 2002 roku uzyskali ponowną rejestrację. Cieszyli się pewną miarą swobód religijnych, ale podlegali ścisłej kontroli rządu, co obejmowało najścia policji w trakcie spotkań religijnych oraz cenzurę literatury.

W maju 2009 roku Państwowa Komisja do spraw Stosunków ze Związkami Wyznaniowymi wprowadziła poprawkę do prawa dotyczącego religii. W 2010 roku Komisja ta odrzuciła z przyczyn proceduralnych wniosek Świadków Jehowy w tej sprawie i tym samym pozbawiła społeczność religijną w Baku osobowości prawnej. Oznaczało to kolejne ograniczenia swobód religijnych.

W 2015 roku Państwowa Komisja do spraw Stosunków ze Związkami Wyznaniowymi przestała się sprzeciwiać sprowadzaniu publikacji Świadków Jehowy. Od 2016 roku mogą oni również organizować duże zgromadzenia religijne. 8 listopada 2018 roku Komisja przyznała Świadkom pełną rejestrację prawną w Baku. Jest nadzieja, że podobne decyzje zapadną również w rozpatrywanych wnioskach dotyczących innych miast.

Wciąż jednak dochodzi do naruszania wolności religijnej. Mimo zobowiązań Azerbejdżanu związanych z członkostwem w Radzie Europy władze wciąż nie wprowadziły możliwości pełnienia alternatywnej służby cywilnej. W rezultacie młodzi Świadkowie są czasem nękani i karani za odmowę służby wojskowej.

Świadkowie Jehowy w Azerbejdżanie od lat starają się uzyskać większe swobody religijne — złożyli 18 skarg do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka i 11 skarg do Komitetu Praw Człowieka ONZ. Przedstawiciele Świadków w dalszym ciągu prowadzą rozmowy z azerskimi urzędnikami państwowymi w celu wypracowania rozwiązania tych trudności i zapewnienia ich pokojowej społeczności religijnej podstawowych praw.