Det har vært Jehovas vitner i Kirgisistan siden 1956, og de ble juridisk registrert i 1998. Tidligere har religionsfriheten deres blitt alvorlig krenket, men i det siste har de opplevd at myndighetene i større grad beskytter rettighetene deres.

I november 2013 avgjorde høyesteretts kammer for grunnlovssaker at Kirgisistans lov om alternativ tjeneste var grunnlovsstridig, og instruerte regjeringen om å endre den. Domstolene i Kirgisistan har fulgt høyesterettsavgjørelsen, og siden tidlig i 2014 har ikke Jehovas vitner blitt straffeforfulgt for å nekte militærtjeneste. Den 29. juni 2015 endret Kirgisistan loven om militærtjeneste slik at militærnektere kan utføre alternativ sivil tjeneste som ikke ligger under militæret.

I september 2014 traff høyesteretts kammer for grunnlovssaker en avgjørelse i favør av Jehovas vitner og religionsfriheten ved å erklære at deler av religionsloven av 2008 var grunnlovsstridig. Men statskomiteen for religiøse saker har ignorert høyesterettsavgjørelsen og har nektet å registrere Jehovas vitners lokale religiøse foreninger i de sørlige regionene av landet. Dette har fått noen myndigheter til å betrakte Jehovas vitners virksomhet som ulovlig. Men når Jehovas vitner får mulighet til å snakke med representanter for myndighetene for å oppklare misforståelser, får de som regel lov til å ha religiøse møter og snakke om troen sin med andre uhindret. Jehovas vitner håper at regjeringen vil følge høyesterettsavgjørelsen og registrere de lokale religiøse foreningene i Sør-Kirgisistan.